জুলাইতে বৈষম্য বিরোধী আন্দোলন চলাকালে রামপুরায় সংঘটিত একটি হত্যাকান্ডের মামলায় ক্ষমতাচ্যুত প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার সঙ্গে আসামি করা হয়েছিল ব্যবসায়ী শেখ বশিরউদ্দীনকে। ৫ আগস্টের রক্তাক্ত অভ্যুত্থান পরবর্তী ড. ইউনূসের নেতৃত্বাধীন সরকারের উপদেষ্টা পর্ষদে স্থান পাওয়ার পর তাকে নিয়ে বিতর্ক হয়েছিলো। তখনো তিনি আসামিই ছিলেন! অবশেষে সেই হত্যা মামলা থেকে অব্যাহতি পেলেন বাণিজ্য উপদেষ্টা শেখ বশির। ভারগো গার্মেন্টসের ‘এক্সিকিউটিভ মেকানিক্যাল ইঞ্জিনিয়ার’ মোঃ সোহান শাহ হত্যা মামলায় শেখ বশিরউদ্দীনকে অব্যাহতি দিয়ে মঙ্গলবার আদেশ দেন ঢাকার চিফ মেট্রোপলিটন ম্যাজিস্ট্রেট আদালতের বিচারক মোঃ জামসেদ আলম। 
মামলাটির তদন্ত কর্মকর্তা আদালতে দেয়া প্রতিবেদনে বলেছিলেন, এ মামলার ঘটনার সঙ্গে আসামি শেখ বশিরউদ্দীনের সংশ্লিষ্টতা পাওয়া যায়নি। তাকে মামলার দায় থেকে অব্যাহতি প্রার্থনা করেছিলেন তদন্ত কর্মকর্তা। ঢাকা মহানগর পুলিশের (ডিএমপি) প্রসিকিউশন বিভাগের উপ-কমিশনার (ডিসি) মিয়া মোহাম্মদ আশিস বিন হাছান জানান, তদন্তে সম্পৃক্ততা না পওয়ায় আদালত বাণিজ্য উপদেষ্টাকে সাময়িকভাবে অব্যাহতি দিয়েছেন।
তদন্ত প্রতিবেদনে বলা হয়, গত ২৪ নভেম্বর তদন্তকারী কর্মকর্তা, র‌্যাব-৩ এর উপ-পরিদর্শক মোঃ মোস্তাফিজুর রহমান আদালতে ফৌজদারি কার্যবিধির ১৭৩(ক) ধারা অনুযায়ী অন্তর্বতীকালীন প্রতিবেদন দিয়েছিলেন। আকিজ বশির গ্র“পের কর্তধার শেখ বশিরউদ্দীন অন্তর্বতী সরকার গঠনের তিন মাস পর গত বছরের নভেম্বরে এই সরকারের উপদেষ্টা হিসেবে শপথ নেন। এর পরপরই জুলাই আন্দোলনের সময় রামপুরা থানায় করা একটি মামলায় তাঁর আসামি হওয়ার বিষয়টি আলোচনায় ওঠে। জুলাই আন্দোলন চলাকালে গত বছরের ১৯ জুলাই রামপুরার সিএনজি স্টেশনের সামনে গুলিতে আহত হন সোহান শাহ (৩০)। ওই বছরের ২৮ আগস্ট চিকিৎসাধীন অবস্থায় তিনি মারা যান। এরপর গত বছরের ১৯ সেপ্টেম্বর সোহানের মা সুফিয়া বেগম বাদী হয়ে ঢাকার আদালতে একটি হত্যা মামলা করেন। এজাহারে ক্ষমতাচ্যুত প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনাসহ ৫৭ জনের নাম উল্লেখ করেন তিনি, এর মধ্যে ৪৯ নম্বর আসামি হিসেবে নামটি ছিল ‘শেখ বশির উদ্দিন ভূঁইয়া’। এই নামের সঙ্গে শেখ বশিরউদ্দীনের, এমনকি তাঁর বাবার নামও মিলে গিয়েছিল। তবে মামলার বাদী সুফিয়া বেগম তখন বলেছিলেন, আওয়ামী লীগ, যুবলীগ, ছাত্রলীগ ও পুলিশ তাঁর ছেলে হত্যার জন্য দায়ী। তবে আসামি কারা করেছে, তা তিনি বলতে পারছেন না। তখন শেখ বশিরউদ্দীন সাংবাদিকদের বলেছিলেন, ভুল তথ্যের ভিত্তিতে হয়তো তাঁর নাম এ মামলায় দেয়া হয়েছে।